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No outro dia coloquei aquele código sobre validação de cpf , que fizemos em Java... desta feita... vou colocar aqui em exemplo de validação de CNPJ... dá pra fazer dessa lógica várias outras coisas...

function validaCnpj(elemento)
{

    if(elemento.value != '__.___.___/____-__'){

        cnpj = elemento.value.replace('.','').replace('.','').replace('-','').replace('/','');
        var numeros, digitos, soma, i, resultado, pos, tamanho, digitos_iguais;
        digitos_iguais = 1;
        if (cnpj.length < 14 && cnpj.length < 15){
            alert('CNPJ inválido!');
            return false;
        }
        for (i = 0; i < cnpj.length - 1; i++)
        if (cnpj.charAt(i) != cnpj.charAt(i + 1))
        {
            digitos_iguais = 0;
            break;
        }
        if (!digitos_iguais)
        {
            tamanho = cnpj.length - 2
            numeros = cnpj.substring(0,tamanho);
            digitos = cnpj.substring(tamanho);
            soma = 0;
            pos = tamanho - 7;
            for (i = tamanho; i >= 1; i--)
            {
                soma += numeros.charAt(tamanho - i) * pos--;
                if (pos < 2)
                    pos = 9;
            }
            resultado = soma % 11 < 2 ? 0 : 11 - soma % 11;
            if (resultado != digitos.charAt(0)){
                alert('CNPJ inválido!');
                return false;
            }
            tamanho = tamanho + 1;
            numeros = cnpj.substring(0,tamanho);
            soma = 0;
            pos = tamanho - 7;
            for (i = tamanho; i >= 1; i--)
            {
                soma += numeros.charAt(tamanho - i) * pos--;
                if (pos < 2)
                    pos = 9;
            }
            resultado = soma % 11 < 2 ? 0 : 11 - soma % 11;
            if (resultado != digitos.charAt(1)){
                alert('CNPJ inválido!');
                return false;
            }
            return true;
        }
        else{
            alert('CNPJ inválido!');
            return false;
        }

    }
}